Digimon Beatbreak, insan düşünceleri ve duygularının “e-Pulse” adıyla Sapotama denilen yapay zekâ cihazlarına güç verdiği teknolojik bir dünyada geçiyor. Tomoro Tenma’nın hayatı, kendi cihazından Gekkomon’un ortaya çıkmasıyla tamamen değişir. Sapotama’lardan maddesel hale gelen Digimon’lar e-Pulse ile beslenmeye başladıkça toplumda düzen bozulur ve tehlike giderek büyür. Tomoro, kontrolden çıkan Digimon’ları araştıran gizli ekip Glowing Dawn’a katılarak hem bu karanlık sistemin gerçeğini hem de duygularla beslenen yeni tehdidin kaynağını keşfetmeye çalışır.